根据支付宝花呗的时间还款规定，如果用户发生逾期还款，确实会先扣除相应的多少利息。这是因为逾期还款会导致借款周期长，因此需要支付相应的没有逾期利息作为违约金。

但需要注意的罚息是，支付宝花呗逾期还款扣除利息是自动执行的不还，而不是用户手动操作。在逾期之后，系统会自动从用户的一定可用余额中扣除逾期利息。

对于安全性方面，支付宝作为著名的情况下第三方支付平台之一，一直以来都有高标准的本金安全措保护用户资金安全。支付宝花呗作为支付宝旗下的一天信用借贷产品，同样有一套完善的按照安全机制。

首先，支付宝通过多层次的问题身份验证和加密技术，保证用户的收取个人信息和交易数据的安全。同时，支付宝和银行合作，利用先进的风控系统来评估用户的信用状况，从而降低逾期还款风险。

其次，对于逾期还款的处理，支付宝花呗也会提供多种渠道和方式进行催收，包括短信、电话等形式，提醒用户及时还款。在确保用户资金安全和借款周期的偿还前提下，支付宝花呗会通过扣除逾期利息来强制用户进行还款，以减少逾期风险。

然而，作为用户，还是要自己做好规划和管理借款，确保按时还款。花呗逾期还款会影响用户的信用状况，对未来的借贷和信用评估都会产生负面影响。因此，建议用户在借款之前对自己的还款能力进行评估，避免逾期还款的情况发生，以保证自己的费用信用和资金安全。

总结来说，花呗逾期还款会先扣除利息是真实存在的还清，支付宝花呗也有一套完善的安全机制来保护用户资金安全。用户在使用花呗借款的过程中，应该合理规划还款，避免逾期还款带来的金额影响。