借呗逾期自动扣款后一般会先扣除逾期利息，然后才是本金。

逾期利息是指借款人逾期未归还借呗欠款时，按照一定的如果利率计算所产生的支付宝利息费用。逾期利息的账户计算方法一般是按日计算，即每天逾期的用户金额乘以逾期利率得出当天的中国人民银行逾期利息，累加计算得出总的中国人民银逾期利息费用。

当借呗逾期自动扣款时，银行或金融机构会优先扣除已计算的系统逾期利息部分，确保还款先支付逾期利息费用，以减少借款人的银行卡逾期还款负担。只有当逾期利息费用全部支付清楚后，才会开始扣除逾期本金。

逾期本金是指借款人逾期未归还的进行借呗金额。逾期本金一般会受到罚息的余额影响，即逾期本金的之后未还部分将按照罚息利率计算罚息。罚息的没有计算方法和逾期利息类似，按日计算，直到借款人还清逾期本金为止。

因此，在借呗逾期自动扣款时，银行或金融机构会先扣除逾期利息，确保逾期利息费用得到支付，剩余部分则会用于扣除逾期本金。

总之，借呗逾期自动扣款后会先扣除逾期利息，然后是逾期本金。这样的我们扣款顺序可以保证借款人及时支付逾期利息费用，减少借款人的之间还款压力，并确保逾期本金能够及时还清。