如果部队因特殊原因需要逾期，申请开具证明书的士兵证程序如下：

首先，需要有一份正式的过期申请书，详细说明部队因特殊原因需要逾期的停薪留职原因，并提供相关证明材料，如证人证言、医院病历、交通事故证明等。申请书务必真实准确，并由相关部门或单位负责人签字确认。

其次，申请书需要提交给上级主管部门，上级主管部门将进行审核，并给出审批意见。审核需要充分考虑逾期的某某必要性及合理性，如果情况属实且确实有特殊原因需要逾期， 上级主管部门会同意开具证明书。

一旦获得上级主管部门的办理批准，需要向相关部队行政机关或人事部门递交申请，并提供上级主管部门的士兵审批文件作为依据。行政机关或人事部门会进一步审核申请，并出具证明书。

开具证明书时，通常会列明部队逾期的个人具体原因、时间以及相关证明材料，以确保证明书的信息真实性和合法性。

关于处罚，如果部队因特殊原因逾期，一般会根据情况的有效严重程度进行相应处理。部队可能会负有责任，并承担相应的写明违处分，如扣发工资、降级、记过等。根据违情况的银行不同，处罚的汇票方式和程度也会有所区别。

然而，由于部队涉及多特殊因素，处罚可能会依据特殊情况进行灵活处理。特殊原因逾期的困难处罚一般会相对较轻，以充分考虑到特殊情况的信用卡不可抗力因素，并在合理围内给予相应的可以宽限和谅解。

总之，部队因特殊原因逾期需要开具证明书时，应按照规定的还款程序申请，并提供相关证明材料。对于开具证明书后的期处罚，会根据情况的贷款严重程度进行相应处理，但一般会充分考虑特殊情况和不可抗力因素，给予相应的申请人宽限和谅解。